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戦国時代。忍者の国伊賀の里では、百地三太夫を頭とする百池党と、藤村長門を首領とする藤林組とが勢力を争っていた。伊賀には下忍養成所があり、他国から幼い子供をさらってきては、次次に一人前の忍者を養成、補充していた。爺いと一緒に百地党に入ったワタリ少年もその一人で、その天才的な術は、三太夫や大頭音羽の城戸を驚かした。ある日ワタリは、同じ少年の忍者で心の優しいカズラと知りあい、二人の間には強い友情の絆が結ばれた。カズラにはツユキという美しい姉がいて、彼女は恋人新次郎と夫婦になるためには、五月雨城主を殺さねばならぬ掟を背負っていた。しかしながら、五月雨城は武田勢の強力な忍者、伊賀崎六人衆に守られ、難攻不落、二人のかなう相手ではなかった。小次郎は危く爺いに助けられたが、ツユキは宙吊りにされて死んでいった。姉の復讐に燃えたカズラは、ワタリと共に五月雨城に忍びこんだが、意外にもそこでみたのは藤林組の大頭楯岡の道順と配下の忍者達だった。それというのは三太夫と長門は裏で通じていて、自分達の地位と権力を守るために仮想の敵を作り、下忍達を厳しい掟で縛りつけていたのだった。姉の本当の仇敵がわかったカズラは、道順達の激しい追跡をのがれて藤林組に乗りこんだ。しかし長門を倒す目的は達したが、カズラ自身も自爆してしまった。一方、ワタリは三太夫を討たんと爺い、小次郎と共に秘密の抜け穴に忍びこんだ。小次郎の一太刀に三太夫は倒れたが、死に際に残した言葉から、道順と城戸は同一人で下忍蓬は無論、藤林組、百地党を操る最大の黒幕だった。不敵に笑う城戸とワタリの凄じい忍術合戦。しかしさすがの城戸もワタリの斧の前に倒れた。再び平和の戻った伊賀の里を後にしたワタリと爺いは、いずこともなく去っていった。
