這裡是充滿了日本風情的偏僻鄉村——霞高原町，俗稱“霞之裡”。在村裡有兩所極其特殊的忍者院。 一天，有一男一女來到了這個村子，男的是為了逃債而來到“私立志能備學園”當老師的萬里小路隼人，可是他並不知道這是一所忍者學校，而另一個就是故事主角，為了自己憧憬的女忍者生活與仰慕的忍者老師“市川電藏”而來的可愛女孩子日向向日葵。向日葵轉校的第一天，遇上了新上任的萬里小路隼人老師，產生了一見鍾情的感覺，於是向日葵就把他當成了自己的真命天子。 日向向日葵小時候，因為一場飛機意外差點失去生命，幸好得到一個神秘的黑衣忍者相助，最後終於逃過了這場災難。雖然向日葵不知道這個黑衣忍者的真正身份，但他卻成為了自己的奮鬥目標，從此小葵就一直夢想自己能成為一個出色的忍者。當她15歲的時候，終於有機會轉校到私立智能備學園，在這所專門培育精英女忍者的學校裡。但是這學校的學生都是來自全國各地的優等生，就只有向日葵是最普通平凡的一個，其他人都是從小就被當作是女忍者來養育成人，而小葵從出生至今都只是過著平凡人的生活，作為忍者必須懂的基礎忍術都是自己透過自學而懂的。這個平日最愛看忍者電影的少女，面上總掛著愉快笑容，雖然她有要成為優秀忍者的強烈決心，但是面對學校那麼嚴格的訓練她又能否挺得過去呢？
