拥有超越人类智慧的力量，在忍界大战的时候，各国，隐藏的村落竞相利用其军事而跃起的尾兽——瞄准其中之一“三尾”的大蛇丸开始行动。火影忍者在自来也的指导下，与风遁螺旋手里剑的新术，忍者加玛的协作忍术的修行中，得到了大蛇丸的基地发现的报应的木叶隐的村落，根据纲手的命令结成的卡卡西，基瓦，西诺，希纳塔的小队开始探索基地。另一方面，在大蛇丸的基地，看到佐助的才能，露出嫉妒心的晶遁使的kuno一·红莲，被大蛇丸提出了某个计划。关键是与独角仙一起进行三尾召唤实验的少年幽鬼丸。幽鬼丸拥有特殊的能力，是一个深信自己没有归宿的奇怪少年。幽鬼丸和鸣人偶然相遇并心意相通的瞬间，幽鬼丸为了进行新的三尾召唤实验，与接受大蛇丸命令的红莲一起踏上了旅程。不久与伙伴们汇合的红莲。在那里追踪敌人的卡卡西们出现，两者终于进入战斗。但是，卡卡西们对第一次战斗的对手和术意外地陷入苦战。并且同一时期，打算全部的尾兽狩猎的晓也得到了三尾的信息，为了那个捕获开始显出不稳定的运动。这里是忍界大战以来的一件大事，围绕着尾兽，大蛇丸，晓，还有木叶的争斗即将开始。
