＜S01＞ 創聖記0011年，地球發生了一場大異變。南極的冰層溶解，原本在1萬2千年前被毀滅的亞特蘭迪亞浮現，長着羽翼的民族墜天翅族甦醒。墜天翅族擁有超過人類的高度智能與特殊力量。1萬2千年前他們在亞特蘭迪亞建立起高度的文明，對他們稱為無翼者的人類肆意捕殺。然而人類也沒有放棄反擊的機會，自海底遺跡挖掘出在「創聖之書」中，傳說的兵器——3架古文明的戰鬥機Vector Machine，藉由不同的組合的變形、合體。Vector Machine可化成不同形態的人形兵器機械天使。當時墜天翅族最強的守護天翅阿波羅尼亞斯，便是與人類靠着機械天使的力量，將原本優勢佔盡的墜天翅族逼進滅亡的深淵，為了與墜天翅族對抗，新聯合國設立了地球再生機構—DEAVA，負責運用機械天使。因此，一群擁有特殊能力的少男少女被召集起來，訓練成為機械天使的駕駛員。 ＜S02 EVOL＞ 作為普通市民的阿瑪塔‧空，在播放《Aquaria舞動於空》的戲院中遇到看一次就迷上電影的御子乃‧鈴白，二人後來亦因為這個話題而開始到城中閒逛。這時候，Altair界向他們生活的城鎮進行兩年來幾乎沒有停過的攻擊，不同的是今次出現了新型Abductor，令人類一方——由Neo DEAVA管轄，並由聖天使學園學生操控的機械天使Aquaria沒法招架。戰火很快波及到剛剛認識的二人，阿瑪塔在危急關頭使用身體潛在的Element能力飛走，卻又突然被Aquaria系統選中為Vector Z駕駛員…… 隨後，阿瑪塔和御子乃都在機緣巧合下加入Neo DEAVA，遇上了不少早被發掘的同學，亦親身見證和經歷不少曖昧關係的高潮起跌。這一切的發展都被Altair界某位神官未影‧神呂木看在眼內，隨之利用其神力和一手撫養的少年神樂‧戴姆里，不停向他們的星球Vega發動攻勢...
