故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，「超能力开发」被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力(level 0)到超能力(level 5)(level 6为绝对能力者)。故事的主人公上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能效果无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为「幻想杀手」。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过着不幸的生活。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女；这位少女自称自己的名字叫「禁书目录」（Index），并是从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔术师追赶中。就这样，上条当麻一脚踏进了奇妙而美丽的世界，开始了上条当麻与御坂美琴的战斗……掌握了十万三千本究极魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年，将面临一系列故事……
